ISSN 2410-7751 (Print)
ISSN 2410-776X (Online)
Biotechnologia Acta Т. 19, N. 1, 2026
С. 55-64, Bibliography 24, Engl.
UDC: 616.23/.25,616.986.988:616.24-002-07-084.001.5
doi: https://doi.org/10.15407/biotech19.01.055
In silico ДОСЛІДЖЕННЯ АНТИКОРОНАВІРУСНОЇ АКТИВНОСТІ АЛІФАТИЧНИХ АМІНОКАРБОНОВИХ СПОЛУК
Сметюх М.П.1, 2, Соловйов С.О.1, 2
1 Київський політехнічний інститут ім. Ігоря Сікорського, Україна
2 Національний університет охорони здоров’я України імені П. Л. Шупика, Київ
Мета. Оцінити потенційні взаємодії коротколанцюгових аліфатичних амінокарбонових сполук із ключовими протеазами коронавірусів — основною протеазою (Mpro) та папаїнподібною протеазою (PLpro) SARS-CoV-2 і IBV — методом молекулярного докінгу.
Методи. Як ліганди використано коротколанцюгові амінокарбонові сполуки. Вихідні структури отримували з PubChem або будували в Avogadro/MarvinSketch, виконували 3D-оптимізацію, перевірку протонування при pH 7,4, корекцію зарядових станів і конвертацію в формат .mol2 (OpenBabel) для сумісності зі SwissDock. Докінг проводили з експериментальними 3D-структурами Mpro і PLpro SARS-CoV-2 та IBV із PDB; підготовку й аналіз структур здійснювали в Avogadro, MarvinSketch, OpenBabel, PubChem 3D Conformer Generator, SwissDock (EADock DSS/AutoDock Vina) та PyMOL.
Результати. Аліфатичні амінокарбонові сполуки демонстрували помірну спорідненість до Mpro (ΔG від 3,0 до 4,3 ккал/моль), причому їхні пози докінгу переважно локалізувалися в периферійних гідрофобних кишенях, а не стабільно в каталітичній ділянці. Ліганди з довшим ланцюгом, зокрема 7-аміногептанова та 8-амінокаприлова кислоти, показали стабільніше зв’язування. Аліфатичні амінокарбонові сполуки виявили помірну спорідненість до Mpro (ΔG –3,0–4,3 ккал/моль), причому пози переважно локалізувалися в периферійних гідрофобних кишенях. Подовження вуглецевого ланцюга посилювало гідрофобне пакування та стабілізувало зв’язування в кишені Mpro. Показано, що неіонізована 6-амінокапронова кислота зв’язувалася краще за гідрохлорид, що узгоджується зі зниженням афінності при сильній іонізації.
Висновки. Докінг показав помірне зв’язування та переважно периферійну локалізацію комплексів. Довші ланцюги покращували докінг-оцінки, а сильна іонізація погіршувала зв’язування. Консервативність Mpro між SARS-CoV-2 та IBV підтримувала використання IBV як безпечнішої скринінгової моделі. Найбільш надійними in vitro кандидатами визначено 4-аміномасляну та 6-амінокапронову кислоти.
Ключові слова: SARS-CoV-2, вірус інфекційного бронхіту, коронавірус, молекулярний докінг, амінокарбонові сполуки, Mpro, противірусні сполуки, in silico.
© Інститут біохімії ім. О. В. Палладіна НАН України, 2026