ЗАСТОСУВАННЯ ЗВОРОТНЬОГО МОЛЕКУЛЯРНОГО ДОКІНГУ ДЛЯ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ПРОТЕЇНОВИХ МІШЕНЕЙ S-ЕТИЛТІОСУЛЬФАНІЛАТУ, ЗАЛУЧЕНИХ ДО СИНТЕЗУ БІОСУРФАКТАНТІВ Январьов Є. Б., Гавриляк В. В.

Деталі: Перегляди: 31

ISSN 2410-7751 (Print)
ISSN 2410-776X (Online)

cover biotech acta general

Biotechnologia Acta Т. 18, No. 3, 2025
С. 14-22, Бібліограф. 19, англ.
УДК: 579.22:577.322
doi: https://doi.org/10.15407/biotech18.03.014

Повий текст (PDF, англ)

ЗАСТОСУВАННЯ ЗВОРОТНЬОГО МОЛЕКУЛЯРНОГО ДОКІНГУ ДЛЯ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ПРОТЕЇНОВИХ МІШЕНЕЙ S-ЕТИЛТІОСУЛЬФАНІЛАТУ, ЗАЛУЧЕНИХ ДО СИНТЕЗУ БІОСУРФАКТАНТІВ

Январьов Є. Б., Гавриляк В. В.

Національний університет «Львівська політехніка», Україна

Мета. Визначити вплив ліганда S-етилтіосульфанілату на протеїнові мішені, що залучені до синтезу біосурфактантів, та оцінити їхню потенційну взаємодію.

Матеріали та методи. Використано метод зворотного докінгу, який дозволяє дослідити взаємодію одного ліганда із 8 протеїнами -мішенями. Молекулярний докінг проводили в AutoDock Vina зі скоринговою функцією Vina. Підготовку ліганду та протеїнових мішеней проводили за допомогою AutoDockTools з пакету MGLTools. Візуалізацію результатів здійснювали за допомогою ChimeraX та BIOVA Discovery Studio.

Результати. Проведення докінгу для ліганда з 8 протеїнами -мішенями дозволило ідентифікувати три перспективні мішені 3RKY, 2B4Q та 8IK2 з афінністю нижчою за –5,5 ккал/моль. Виявлено домінування водневих та гідрофобних зв’язків, що свідчить про стабільність зв’язування ліганда в активних центрах протеїнів.

Висновок. Дослідження підтвердило ефективність зворотного докінгу для пошуку потенційних протеїнових мішеней, демонструючи, що ліганд може впливати на біосинтез біосурфактантів через специфічні взаємодії з протеїнами 3RKY, 2B4Q та 8IK2.

Ключові слова: біосурфактанти, S-етилтіосульфанілат, зворотний молекулярний докінг, ліганд- протеїнова взаємодія, енергія зв’язування, прогнозування мішені.